公司章程在确立公司制度基础、保障股东合法权益、规范公司治理、确立公司文化等方面具有“宪法”地位的作用，但实践中，众多公司章程“模版化”“模糊化”，给公司带来纠纷和麻烦。因此，公司有必要对“治理死角”进行清理，以期防患于未然。
对于公司章程的自查应从是否合法、是否与其他文件一致、是否满足公司需求三个方面进行自查，做好自我诊断工作，为后期设计更为合理的章程奠定基础。
公司章程的内容符合《中华人民共和国公司法》（以下简称《公司法》）等相关法律法规的规定是一份公司章程的最根本的要求，是公司章程发挥确立公司制度基础、保障股东合法权益、规范公司治理、确立公司文化作用的基本要求。
为此，需要进行合法性审查，以避免因公司章程的相关规定无效致使有关股东会决议、董事会决议不成立、无效或可撤销，进而可能造成基于有关决议进行的交易的效力存在瑕疵。
公司章程只能对《公司法》允许特别约定的事项进行特别约定，否则相关约定即存在不合法而无效的风险。
公司章程可以特别约定的事项以及相关约定的合法性可以按照以下原则判断：
第一、《公司法》没有明确具体规定的事项、或者明确规定可以由公司章程另行约定的，章程可以根据需要作特别约定。否则公司章程不得做与《公司法》既有具体规定不一致的约定。
第二、对于《公司法》规定的基本要求（比如相关决议通过的表决比例要求），公司章程可以约定高于该基本要求，但不得约定低于该标准。
第三、公司章程不能变相地剥夺《公司法》赋予股东等主体的基本权利，比如股东知情权、查阅权、对股权的处置权等。
一般而言，经市场监督管理部门备案登记的章程具有合法性，但不排除部分市场监督管理部门的认识与司法部门的认识不一致的情形，致使即便经过备案登记，实际上可能因为违法而无效。
此外实践中，还存在未经备案登记的公司章程，其合法性更加没有保障。为此，有必要对公司章程的合法性进行审查。
经审查，如发现部分章程（无论是否备案登记）约定存在不合法的情形，建议重新召开股东会对相关条款进行修订，并由股东会表决通过后及时备案登记。
二、公司章程与其他公司文件是否一致，以及冲突时的适用方式
如公司章程与股东之间的设立协议/股东协议不一致，对于股东之外的事宜，以公司章程为准。
对于股东之间的事宜，如公司章程或股东之间的设立协议/股东协议明确约定了不一致时的处理方式，则从其约定；协议或章程没有明确约定，适用时可能会存在一定争议，可能适用签订在后的公司章程，也可能适用更为专门的设立协议/股东协议。
一、尽量保持公司章程和设立协议、股东协议之间的一致性。
二、如对于股东之间的权利义务关系有特别约定、且不便载明于公司章程的，建议明确公司章程与设立协议/股东协议不一致时的处理方式。
公司内部规章制度对公司章程内容进一步细化的，应保持与公司章程的一致性，否则可能影响相关规章制度的效力，依据相关规章制度作出的决议等可能存在效力瑕疵。
就内部规章制度中与公司章程不一致的部分及时予以调整。
因为有的章程可能因为各种原因而未能顺利获得市场监督管理部门的备案登记，但公司在运行过程中仍按照未备案登记的章程进行。
根据《公司法》第五条、第四十六条的规定[1]、最高人民法院（2014）民提字第00054号民事判决，未备案的公司章程自股东签字后即有法律效力，但该有效性仅限于公司内部。即公司外部的相对方依据备案的章程与公司进行交易或提起诉求，公司不得以未备案的章程中的规定提出抗辩。公司内部事务则适用更能体现股东真实意思表示的文件，一般是未备案的公司章程。
对于修订后的公司章程及时赴市场监督管理局进行备案登记，以获得对外的效力。此外，不建议签订或通过与备案登记章程不一致的其他章程文本，因为备案的章程与未备案的章程生效的条件都是：不得违反《公司法》等法律中的效力性强制性规定。违反效力性强制性规定的章程并不因为不备案即可有效。
[1]《中华人民共和国公司法》
第五条 设立公司应当依法制定公司章程。公司章程对公司、股东、董事、监事、高级管理人员具有约束力。
第四十六条 有限责任公司章程应当载明下列事项：
（一）公司名称和住所；
（二）公司经营范围；
（三）公司注册资本；
（四）股东的姓名或者名称；
（五）股东的出资额、出资方式和出资日期；
（六）公司的机构及其产生办法、职权、议事规则；
（七）公司法定代表人的产生、变更办法；
（八）股东会认为需要规定的其他事项。
股东应当在公司章程上签名或者盖章。
主要是公司的组织架构设置、各方职权的划分、会议的召开方式、表决方式等约定。尤其是公司章程中是否存在容易使公司陷入僵局的规则，比如部分事项需要股东一致同意或其他较高比例通过。
主要是股东表决权的行使、利润的分配等约定。按照认缴出资行使表决权还是按照实缴出资行使表决权，以及是否按持股比例进行利润分配等内容。
公司章程的自查至关重要，它不仅关系到公司的合法合规运营，也直接影响股东权益和公司治理效率。通过合法性审查、一致性核对以及满足现实需求的评估，公司能够确保章程的有效性和适用性，为公司的稳定发展和股东利益的保护提供坚实的基础。