1.公司法明确排除公司作为股东资格确认纠纷的原告主体资格。
《最高人民法院关于适用<中华人民共和国公司法>若干问题的规定（三）》（以下简称公司法司法解释三）第二十一条规定“当事人向人民法院起诉请求确认其股东资格的，应当以公司为被告，与案件争议股权有利害关系的人作为第三人参加诉讼。”根据《最高人民法院关于公司法解释（三）、清算纪要理解与适用》（以下简称《理解与适用》）对该条的解读，本条目的在于确定股东资格确认之诉的当事人，原告应为认为自己具有公司股东资格、并请求法院确认其股东资格的股东，被告应当为公司。该解读未对“股东资格确认之诉”作任何限制，即但凡涉及股东资格确认的案件，原告只能是“股东”，被告只能是公司，因此本案A公司和B不具备相应原告和被告主体资格。
除了公司法司法解释三第二十一条外，《山东省高级人民法院关于审理公司纠纷案件若干问题的意见（试行）》第24条、《江西省高级人民法院关于审理公司纠纷案件若干问题的指导意见》第21条等地方规范意见规定了“请求确认股东资格的案件,应当以公司为被告,与案件争议股权有利害关系的人可以作为第三人参加诉讼”明确否认公司原告主体资格。
2.A公司不具备诉的利益。
《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称民事诉讼法）第一百一十九条规定原告必须是与本案有直接利益关系的公民、法人和其他组织，即原告要有诉的利益。本案中，A公司作为独立法人，其对股东投入到公司的股本出资享有财产权，但对基于出资形成的股权不享有任何法律上的权利，而股东资格确认本质上是对股权归属问题的解决，公司提起该项确认之诉并无法律上的利害关系，不具备诉的利益。
并且，诉的利益意味着原告要有利用诉讼的必要性与实效性，必要性指有无必要通过本案判决解决当事人之间的纠纷；实效性是指通过本案判决能否使纠纷获得实质性解决。从诉讼的必要性看，A公司直接向B签发出资证明、将其记载于公司股东名册或者将其作为公司股东向公司登记机关申请登记即可确认B的股东资格，而无需通过诉讼确认，事实上，B已是股东名册和工商登记中的股东，A公司不具有利用诉讼的必要性。从诉讼的实效性看，A公司诉讼目的是确认B的股东资格从而要求B履行出资义务，但根据前案生效判决，B无需承担出资义务，确认B股东资格不能实现A公司目的。并且，确认B股东资格后，B应当享有相应的股东权利，但表决权、分红权等权利基于出资而享有，A公司不可能在B未出资时让其享有相关权利。因此A公司不具有利用诉讼的实效性。
3.本案构成重复起诉。
根据《理解与适用》，公司向股东提起的诉讼包括违约之诉和侵权之诉，本案中B不存在侵权事由，A公司只得提起违约之诉，与前案构成重复起诉。