观点一：鉴定费应由败诉方承担
由于《诉讼费用交纳办法》将第十二条的规定放在第二章“诉讼费用交纳范围”中，就有观点认为，鉴定费属于诉讼费用，就应根据第二十九的规定，由败诉方承担。
该观点可以说是当下的主流观点。在《人民司法·应用》2010年第1期中，期刊研究组就认为：“因鉴定费用属于诉讼费用，当然也应根据第二十九条的规定确定最终由谁来负担。”《浙江省高级人民法院关于审理民间借贷纠纷案件若干问题的指导意见》（浙高法〔2009〕297号）在第十四条中也规定：“司法鉴定的申请应向符合全国人大常委会《关于司法鉴定管理问题的决定》和《浙江省司法鉴定管理条例》所规定的具有鉴定资质的司法鉴定机构和司法鉴定人提起。鉴定费用由申请人预交，最终负担按照国务院《诉讼费用交纳办法》（国务院令第481号）第二十九条的规定确定。”
最高人民法院在（2018）最高法民终557号判决中同样认为：“该条内容（指《人民法院诉讼费用交纳办法》第十二条）解决的是在鉴定、评估程序启动时，由申请鉴定、评估的当事人直接将相关费用交给鉴定、评估机构，禁止人民法院代收代付，而不是解决鉴定、评估费在当事人之间的最终分担问题。”
观点二：鉴定费应由申请人承担
另一方观点则认为，“负担”一词就已明确鉴定费的承担主体，即由申请人承担。
第一、从文义解释上，《诉讼费用交纳办法》第十二条中的“负担”一词，只能得出鉴定费由申请人承担这一种含义。在已失效的《人民法院诉讼收费办法》第三章和第四章中，就用“预交”和“负担”两个词来区分费用的最初缴纳主体和最终承担主体。《诉讼费用交纳办法》在字面表述上，同样对“预交”和“负担”作出了区分。需要根据案件结果进行调整的费用，《诉讼费用交纳办法》在确定最初缴纳主体时，用词为“预交”，比如《诉讼费用交纳办法》第二十条中对案件受理费和申请费的规定，用词即为“预交”。《诉讼费用交纳办法》在划分费用承担主体时，用“负担”一词来确定费用的最终承担人，例如《诉讼费用交纳办法》第二十九条中，就表述为：诉讼费用由败诉方“负担”。对于《诉讼费用交纳办法》第二十条中规定的“预交”的申请费，在确定最终费用承担主体时，《诉讼费用交纳办法》的第三十七条、第三十八条、第三十九条、第四十条、第四十一条都用“负担”一词进行确定。
可见，在《诉讼费用交纳办法》中，对“预交”和“负担”这两个词语的含义，是作出清晰且明确区分的。《诉讼费用交纳办法》第十二条对鉴定费的承担进行了规定，表述的是“谁主张、谁负担”。此处“负担”一词就是费用的最终承担，而非“预交”。
第二、鉴定费为当事人举证而支出的费用，应由举证人承担。鉴定意见是《民事诉讼法》第六十三条规定的法定证据类型之一，当事人为证明自己的主张，通过申请鉴定的方式进行举证，因此支出的鉴定费用和其他举证费用并无太大的不同，应由鉴定申请人承担。例如，在最高人民法院（2019）最高法民再110号判决中，法院就认为：“京典公司申请对工程造价进行鉴定，是其举证责任应有之义，因此本案鉴定费用应由京典公司自行承担”。在《诉讼费用交纳办法》的规定之外，最高人民法院在该判决中从举证费用角度同样支持了申请人承担鉴定费的观点。